Forskningen på IKS organiseres i syv forskningsprogrammer, der svarer til instituttets syv afdelinger, og som alle ledes af en forskningsprogramleder, der indgår i instituttets forskningsudvalg.
I forskningsudvalget indgår endvidere institutleder, viceinstitutleder for forskning, ledere af instituttets afdelingslignende centre (Grundforskningscenteret UrbNet, Interacting Minds Centre og Center for Grundtvigforskning), forskningsprogramlederen for det klassiske forskningsmiljø, samt lederen af den tværgående fakultetssatsning Uses of the Past, som er forankret på instituttet.